This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (RETROMET, ANR-16-CE12-0020), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM, DEQ20180339170), the Agence Nationale de la Recherche (Idex UCAJEDI, ANR-15-IDEX-01; Labex SIGNALIFE, ANR-11-LABX-0028; ImpacTE, ANR-19-CE12-0032 ; LabEx “Who Am I?”, ANR-11-LABX-0071), the Institut National du Cancer (INCa PLBIO 2020-095), the Canceropôle Provence-Alpes-Côte d’Azur, INCa and the Provence-Alpes-Côte d’Azur Region (Projet Emergence), Inserm (GOLD cross-cutting programme on genomic variability), Université de Paris IdEx (ANR-18-IDEX-0001), CNRS (GDR 3546) and Fondation ARC (Programme Labellisé PGA1/RF20180206807). Equipment acquisition for the GenoMed facility was supported by FEDER, Région Provence Alpes Côte d’Azur, Conseil Départemental 06, ITMO Cancer Aviesan (plan cancer) and Inserm.